Untuk dapat mengajukan gugatan di Pengadilan Pajak, berikut beberapa yang harus dimengerti:
1. Surat Gugatan diajukan dalam jangka waktu 30 hari sejak diterimanya keputusan yang digugat. Apabila gugatan diajukan atas pelaksanaan penagihan, maka pengajuan paling lambat dilakukan 14 hari.
2. Pengadilan Pajak kemudian akan melakukan permintaan surat tanggapan kepada tergugat dalam jangka waktu 14 hari sejak diterimanya Surat Gugatan.
3. Tergugat, dalam hal ini DJP, menyampaikan Surat Tanggapan atas gugatan. Tanggapan diberikan maksimal 1 bulan sejak tanggal dikirimnya permintaan Surat Tanggapan.
4. Salinan Surat Tanggapan akan dikirimkan kepada penggugat paling lambat 14 hari sejak diterima.
5. Penggugat kemudian menyampaikan Surat Bantahan yang harus dikirim maksimal 30 hari.
6. Dalam jangka waktu 14 hari, Salinan Surat Bantahan kemudian diberikan kepada tergugat.
7. Ketua Pengadilan kemudian akan menunjuk majelis. Majelis akan mulai bersidang 3 bulan sejak diterimanya Surat Gugatan.
8. Majelis dapat menerbitkan Putusan Sela sebelum memutus perkara gugatan.
9. Putusan gugatan diambil dalam jangka waktu 6 bulan sejak gugatan diterima.
Wajib Pajak dalam mengajukan Gugatan berkaitan dengan:
1. Pelaksanaan Surat Paksa, Surat Perintah Melaksanakan Penyitaan, atau Pengumuman Lelang;
2. Keputusan pencegahan dalam rangka penagihan pajak;
3. Keputusan yang berkaitan dengan pelaksanaan keputusan perpajakan, selain yang ditetapkan dalam Pasal 25 ayat (1) dan Pasal 26;
4. Penerbitan Surat Keputusan Pajak atau Surat Keputusan Keberatan yang dalam penerbitannya tidak sesuai dengan prosedur atau tata cara yang telah diatur dalam ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan.